Muzeum Okręgowe im Leona Wyczółkowskiego w Bydgoszczy posiada sześć oddziałów, w których prezentowane są liczne wystawy stałe i czasowe. Cztery z budynków, w których prowadzona jest działalność wystawiennicza znajduje się na Wyspie Młyńskiej.

Wyspa, będąca miejscem spacerów oraz licznych wydarzeń kulturalnych, jest jednym z najpiękniejszych krajobrazowo zakątków Bydgoszczy ulokowanym w samym centrum miasta.

W budynkach zlokalizowanych na wyspie prezentowane są wystawy artystyczne i historyczne:
- w Galerii Sztuki Nowoczesnej - jedne z najbardziej reprezentacyjnych zbiorów polskiej sztuki nowoczesnej w kraju,
- w Domu Leona Wyczółkowskiego - ekspozycja w całości poświęcona twórczości tego wybitnego artysty, a zarazem patrona Muzeum,
- w Europejskim Centrum Pieniądza, znajdującym się w miejscu, w którym w XVII wieku funkcjonowała pręgarnia (część Mennicy Królewskiej), prezentowana jest ekspozycja podejmująca tematykę owej mennicy oraz całego procesu wytwarzania monet,
- w Zbiorach Archeologicznych przedstawiane są najstarsze dzieje bydgoskiego grodu.
Poza obszarem Wyspy Młyńskiej należą do Muzeum:
 - ulokowany w śródmieściu Spichrzach nad Brdą, gdzie prezentowane są wystawy historyczne z multimedialną ekspozycją stałą Od starego rynku do Placu Wolności oraz ekspozycje sztuki dawnej, w tym Bydgoscy Mistrzowie Malarstwa,
-  Exploseum - ulokowany ok. 7 km od centrum miasta, na obrzeżu Bydgoskiego Parku Przemysłowo-Technologicznego.


Poza działalnością wystawienniczą Muzeum Okręgowe w Bydgoszczy prowadzi szeroką działalność edukacyjną, proponując ponad 50 tematów lekcyjnych i warsztatów skierowanych zarówno do dzieci i młodzieży, jak i osób starszych oraz niepełnoprawnych. Istnieje również możliwość zrealizowania własnych tematów lekcyjnych na ekspozycjach muzealnych, jak również zwrócenia się do muzeum z propozycją organizacji zajęć podejmujących konkretne zagadnienia. W ofercie muzeum znajduje się również usługa przewodnicka obejmująca swoim zakresem wszystkie aktualne ekspozycje. Realizowane są także wydarzenia kulturalne, takie jak Noc Muzeów, Bydgoskie Noce Muzealne, spotkania autorskie czy sesje naukowe oraz cieszące się dużą popularnością warsztaty dla dzieci podczas ferii zimowych. W zależności od potrzeb zwiedzających, oferowane są różne rodzaje biletów, w tym bilety grupowe i zbiorcze do wszystkich budynków muzealnych w śródmieściu.